En enero de 1960, 4 años después de su fundación, inició el primer servicio de pasajeros, luego de acondicionar uno de los Curtiss C-46 con 48 sillas para volar una frecuencia diaria entre Barranquilla y Bogotá, con escalas intermedias en Barrancabermeja y Puerto Calderón.  Así, la empresa se abría campo en el transporte de pasajeros compitiendo al lado de Avianca, RAS, Lloyd Aéreo y Taxader en esta ruta.   En el primer año de operaciones de pasajeros se transportan 51.200 usuarios, además de 4.360.735 toneladas-kilómetros de carga, en un total de 8.250 horas de vuelo, inmediatamente, la empresa logró ampliar su red de rutas troncales para servir además de Barranquilla y Bogotá, a las ciudades de Medellín, Cali y San Andrés, llenando el vacío que había dejado Lloyd Aéreo Colombiano al suspender sus operaciones.

KLM, por su parte, propuso la firma de un convenio similar que concreto finalmente y fue cuando AEROCONDOR decidió adquirir 3 unidades Douglas DC-6 para pasajeros, aumentar a 2 las unidades Douglas DC-4 y comprar un Douglas DC-3 de pasajeros.  El 8 de diciembre de 1966 ocurrió el primer accidente de grandes proporciones que acuso graves traumatismos a la empresa.  Un avión Super Constellation L-1649A Starliner, fleteado en varias ocasiones a la aerolínea Pasta Inc. para realizar vuelos especiales entre Miami y Bogotá, se estrelló en la cabecera de la pista del aeropuerto El Dorado, durante la aproximación final.  Allí perdieron la vida 17 personas entre las cuales se encontraban el capitán Gustavo López, entonces gerente de la empresa y quien viajaba como pasajero. Ante la pérdida de tan importante directivo, AEROCONDOR entró en una tarea difícil y el clima organizacional se vio afectado profundamente.

Llegó entonces a la gerencia de la empresa el capitán Daniel Eduardo González, quien tuvo a su cargo la restauración de la aerolínea. Comienza contactos con American Airlines, en la que encuentra un apoyo para la introducción del equipo Lockheed Electra L-188 a la flota de AEROCONDOR para el transporte de carga.

El 6 de agosto de 1967, ocurrió uno de los casos más insólitos de la historia de la aviación en Colombia.  Un Douglas DC-4 el HK-757, que volaba en itinerario regular Bogota-Barranquilla-San Andrés fue obligado a desviarse de su ruta, poco después de despegar del aeropuerto de Soledad, en Barranquilla, hacia la isla de San Andrés.  El avión fue declarado en emergencia por la torre de control y el centro de control de Bogotá y el centro de control en Panamá, luego que la tripulación reportara daños en el sistema de radio; con 74 personas a bordo el avión había sido secuestrado por 5 individuos fuertemente armados, quienes obligaron a la tripulación a dirigirse a la isla cubana.

El 22 de diciembre de 1972, AEROCONDOR entró en la era del jet, al adquirir por medio de American Airlines, un Boeing 720.

En el campo internacional AEROCONDOR pensó en incrementar su área de influencia en el Caribe. Adicionalmente se aprobaron las rutas Quito, la cual nunca llegó a operarse y a Guatemala, que era explotada anteriormente por SAM y se obtuvieron derechos exclusivos para explotar el servicio Miami-San Andrés, con el fin de incrementar el flujo de turistas hacia Colombia y el Caribe.  El 15 de diciembre de 1977, AEROCONDOR se convirtió en la primera aerolínea de América en recibir el Airbus A300, un avión que incorporaba la más alta tecnología, bautizado con el nombre de "Ciudad de Barranquilla".  Este avión ofrecía tecnología de punta, capacidad para 245 pasajeros y 20 toneladas de carga.  La nueva aeronave fue puesta al servicio en las rutas a Miami que se originaban en Cali, Medellín, Bogotá y Barranquilla, dando como resultados un alto índice de utilización en su primer año de actividades. Sin embargo, la operación de este costoso avión no fue rentable y fue necesario devolverlo a la firma constructora.  El mes de mayo de 1980 marcó definitivamente el fin de AEROCONDOR, cuando el gobierno nacional, a través de la Superintendencia de Sociedades, ordenó la liquidación de la empresa, haciendo que más de un millar de empleados perdiera su trabajo.  Para que en junio de 1980 se suspendieran definitivamente los vuelos regulares a Miami, por orden del liquidador, debido a las demandas existentes en esa ciudad.

En agosto de 1980 todos los vuelos fueron cancelados, terminando así la historia de una de las aerolíneas con mayor progreso en Colombia y que lastimosamente no se pudo mantener.